决定反渗透净水设备净水程度的关键部分是反渗透膜，因此反渗透膜的维护和保养必须重视。
各类有机物、无机物和微生物都可能造成反渗透膜的透过性能下降。由于膜污染的不可逆性，除非进行清洗，否则系统污染不可能减轻，而只存在加快、趋异及趋同三大趋势。那么，反渗透膜又应该如何保养呢？
第一，在线水力冲洗。在每次系统启停时或每天定时操作，清洗只需全开系统浓水阀门，或全开浓水旁路阀门，将系统浓水外排，要注意这个时候并没有净水流量，目的旨在于清洗。较为频繁的运行性冲洗可在一定程度上降低化学药洗的频率。
第二，在线化学冲洗。上一步所说的水力冲洗，是依靠水的冲击压力进行的物理洗涤，并不够彻底。因此化学冲洗才是在线冲洗的主要工序。化学药洗之前首先需要进行系统污染分析，主要是给水水质与运行参数的分析，以得出污染的原因及清洗的对策。化学冲洗的原则是在膜材料允许的温度、流量、压力、药剂及pH值范围内，针对具体污染决定清洗药剂与清洗工艺。
第三，元件离线清洗。当系统受到严重污染，或经多次在线清洗仍不能使系统性能得到有效恢复时，需要将全部元件从系统中卸出，并装入专用清洗装置进行离线清洗。目前国内的离线清洗主要由专业的工程企业或清洗企业完成。
第四，离线洗后元件优化配置。污染膜元件经离线清洗后，由于运行年份、污染性质、污染程度、清洗效果等多种因素的影响，元件的工作压力、透盐率与膜压降三项指标的差异一般大于新膜元件，而且清洗结束时一般可测得元件的三项指标。因此，离线清洗后的膜元件有必要也可按照规划模式重新进行安装配置。
当然，膜的反复清洗必然也会对膜造成损坏，当反渗透膜的表面变得粗糙或者部分空隙造成不可疏通的堵塞时，膜的透过性能会越来越低。因此，在使用中如果发现净水的电导率上升或者净水量明显下降时，应立即清洗或更换反渗透膜。
